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A Computational Approach to Extinction Events in Chemical Reaction Networks with Discrete State Spaces

机译:化学反应中消光事件的计算方法   具有离散状态空间的网络

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摘要

Recent work of M.D. Johnston et al. has produced sufficient conditions on thestructure of a chemical reaction network which guarantee that the correspondingdiscrete state space system exhibits an extinction event. The conditionsconsist of a series of systems of equalities and inequalities on the edges of amodified reaction network called a domination-expanded reaction network. Inthis paper, we present a computational implementation of these conditionswritten in Python and apply the program on examples drawn from the biochemicalliterature, including a model of polyamine metabolism in mammals and a model ofthe pentose phosphate pathway in Trypanosoma brucei. We also run the program on458 models from the European Bioinformatics Institute's BioModels Database andreport our results.
机译:M.D. Johnston等的最新工作。已经在化学反应网络的结构上产生了足够的条件,从而保证了相应的离散状态空间系统呈现出灭绝事件。条件由一系列称为修饰扩展反应网络的修饰反应网络边缘上的等式和不等式系统组成。在本文中,我们介绍了用Python编写的这些条件的计算实现,并将该程序应用于从生物化学文献中提取的示例,包括哺乳动物中多胺代谢的模型和布鲁氏锥虫中的戊糖磷酸途径的模型。我们还在欧洲生物信息学研究所的生物模型数据库中的458个模型上运行了该程序,并报告了我们的结果。

著录项

  • 作者

    Johnston, Matthew D.;

  • 作者单位
  • 年度 2017
  • 总页数
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种
  • 中图分类

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